قد يظهر التهاب الإحليل (Urethra – الأنبوب الذي يربط ما بين المثانة البولية وبين الفضاء الخارجي) في أعقاب أمراض معينة تصيب الجهاز المناعي (Immune system) مثل : مُتَلاَزِمَةُ رايتير (Reiter’s syndrome)، والتي تظهر بصورة التهاب في ملتحمة العين، في الإحليل وفي المفاصل.

هنالك من يعتقد بأن متلازمة رايتير هي تفاعل متصالِب (Cross reaction) (تفاعل مناعي ذاتي – Autoimmune reaction) مع الجراثيم – يقوم الجسم بإنتاج أجسام مضادة (مضادات – Antibodies) لمركبات الجراثيم, لكن هذه المضادات تقوم، بالخطأ، بمهاجمة مكوّنات أنسجة في جسم الإنسان، تشبه الجراثيم في بنيتها.

معظم حالات التهاب الإحليل تحدث نتيجة لمرض تلوثي. هنالك مجموعة من الجراثيم التي تسبب التهاب الإحليل, وهي تميز مجموعة من الأمراض المنقولة جنسيا (التي تنتقل بالعلاقة الجنسية – STD – Sexually transmitted diseases), مثل: داء السيلان (Gonorrhea), داء المتدثرات (Chlamydiosis), المفطورة (Mycoplasma) والميورة (Ureaplasma). ومن بين هذه الأمراض، يعتبر داء المتدثرات الأكثر انتشارا. في جزء كبير من الحالات يكون هنالك عاملان اثنان مسببان للمرض, مثل التهاب الإحليل مع داء السيلان وداء المتدثرات.

عندما يتم تشخيص إصابة شخص ما بالتهاب الإحليل الناجم عن أحد المسببات، يجب الأخذ بعين الاعتبار العلاقة الجنسية أو وجود مرض جنسي, وبالتالي معالجة الزوج / الزوجة  بنفس طريقة معالجة المريض نفسه.

ثمة نوع آخر من التهاب الإحليل ينجم عن جراثيم لها علاقة بالتلوثات / الالتهابات في المسالك البولية، وبشكل أساسي جرثومة الإشريكية القولونية (Escherichia coli). هذه الجراثيم تستوطن في الإحليل، بدلا من المثانة البولية (Urinary bladder) وتسبب مرضا مماثلا في المثانة البولية، أيضا، هو مرض التهاب المثانة (Cystitis).

الأعراض المميزة لالتهاب الإحليل هي: إفرازات من الإحليل, الحرقة, الحاجة الملحة إلى التبول, والأوجاع عند التبول.