ومرت خزانة القرويين عبر تاريخها الذي يمتد إلى 7 قرون، بثلاثة مراحل أساسية، في ظل حكم 3 دول، تعاقبت على حكم المغرب، منذ تأسيسها، فقد أسست في عهد المرينيين، على يد أبي عنان المريني، ثم جاء السعديون، فأضافوا جناحا آخر يسمى جناح السعديين، وفي القرن العشرين وبالضبط عام 1940، جاء السلطان العلوي محمد الخامس، فبنى جناح العلويين.

وتحتوي خزانة القرويين على حوالي 4000 آلاف مخطوط من أندر المخطوطات، في مختلف فروع المعرفة، تبدأ بالعلوم الدينية وعلم الفلك، مرورًا بالطب والحساب والتاريخ، والأدب واللغة والتصوف والفلسفة وغيرها، إضافة إلى رصيد من الوثائق النادرة، وأكثر من 24 ألف من الكتب المطبوعة، بعضها يعود إلى حوالي 150 سنة.

كما يوجد بخزانة القرويين، نسخة من القرآن الكريم مخطوط على جلد الغزال يعود إلى القرن التاسع الميلادي، مكتوب بخط كوفي عريق، وتصنف بكونها من أنذر النسخ.