تمويه الجزيئي (Molecular mimicry) هو تشابه كيميائي بين مركبات الأنسجة المختلفة وبين عامل خارجي مثل الفيروس أو الجرثومة. قد يؤدي هذا التشابه، في ظروف معينة، إلى تشخيص جهاز المناعة للأنسجة الذاتية كجسم غريب وبالتالي يبدأ بمهاجمتها. ويمكن حدوث حالة مشابهة في حال حدوث تغيير كيميائي معين في أنسجة ذاتية سليمة. فنتيجة لذلك، يمكن لجهاز المناعة اعتبار المبنى الكيميائي الجديد كجسم غريب.

قد يحدث التغيير في حالات كثيرة، نتيجة لعدوى جرثومية، فيروسية وكنتيجة للسموم، كما أن هذه التغييرات قد تحصل نتيجةً لادوية معينة، اجهاد، ضرر جسماني وربما التقدم في السن.. في كل هذه الحالات، قد يعمل جهاز المناعة على مهاجمة النسيج الذاتي بواسطة خلايا لمفاوية تائية – من النوع T (استجابة مناعية خلوية – Cellular Immune response)، أو من خلال إنتاج أجسام مضادة (استجابة مناعية خلطية – Humoral Immune Response).

 في حالات أخرى تم العثور على التمويه الجزيئي بين عوامل عدوى معينة وبين خلايا وبروتينات فعالة في تنظيم عمل جهاز المناعة، مثل ال- HLA (تصنيف الأنسجة). المشترك لكل هذه الحالات هو  التفعيل غير المراقب لجهاز المناعة.

يمكن بمساعدة آلية التموية الجزيئي (Molecular mimicry) تفسير جزء من الظواهر التي تحصل في إمراض المناعة الذاتية المختلفة (Autoimmune Diseases). أمراض المناعة الذاتية، هي أمراض سببها النشاط غير الطبيعي لجهاز المناعة ضد الأنسجة الذاتية. في الوضع الطبيعي، يستطيع جهاز المناعة التمييز بين الأجسام الغريبة التي تغزو أنسجة الجسم وبين العوامل الذاتية الموجودة في الأنسجة بشكل طبيعي. وبهذه الطريقة، لا يهاجم جهاز المناعة الأنسجة الذاتية. في أمراض المناعة الذاتية، تنشط خلايا جهاز المناعة ضد الأنسجة الذاتية، بشكل مباشر، أو من خلال انتاج أجسام مضادة ضد المركبات الذاتية وبهذا تسبب أضرار جسيمة لخلايا الجسم والأنسجة المختلفة.

لقد تم التعرف، في أيامنا هذه، على أمراض وحالات مرضية عديدة تنتمي لمجموعة أمراض المناعة الذاتية، بما في ذلك، التهاب المفاصل على خلفية مناعية، تدمير مناعي لخلايا الدم، التهابات الكبد المزمنة والتهابات الغدة الدرقية المزمنة. في بعض هذه الأمراض، يمكن تبين وجود أجسام مضادة أو خلايا نشطة ضد مركب غريب وضد أنسجة ذاتية ذات مبنى كيميائي مشابه.

الاعتقاد السائد اليوم هو أن آلية التموية الجزيئي (Molecular mimicry) مسؤولة على الأقل عن جزء من الآلية التي تسبب حدوث أمراض المناعة الذاتية. على سبيل المثال، التهاب المفاصل الروماتويدي (rheumatoid arthritis) (حمى الروماتزم – Rheumatic fever) وهو مرض يظهر، بعد عدة اسابيع، من الإصابة بعدوى جرثومة العقدية (streptococcus) وقد يؤدي إلى التهاب المفاصل وضرر في القلب. لقد تم التوصل الى وجود تشابه بين بروتينات معينة لدى جرثومة العقدية وبروتينات في عضلة القلب. يبدو أن جهاز المناعة يعمل لمهاجمة الجرثومة وبذات الوقت يصيب ايضا عضلة القلب.