أثار بند في مشروع الميزانية الفرعية برسم السنة المالية 2017، والمتعلق بتخصيص مبلغ 25 مليون درهم من المال العام لدعم جامعة الأخوين، انتقاد عدد من النواب البرلمانيين عن الأغلبية والمعارضة، وذلك بسبب ما اعتبره هؤلاء بأنه دعم غير مفهوم لمؤسسة يتم فيها التدريس عن طريق أداء مبالغ مالية مهمة جدا، تضاهي الأثمنة التي يتم التدريس بها في كبريات الجامعات الدولية.